El museo se crea mayoritariamente a partir de los fondos patrimoniales de lo que fue el Instituto Provincial de Granada, hoy Instituto Padre Suárez, fundado en 1845.
La Sala de Física exhibe los aparatos para la investigación y docencia propios del siglo XIX, con más de seiscientos elementos catalogados, destacando la Máquina de Atwood, el Aritmómetro de Leibnitz, el ariete hidráulico, máquinas de Rumsfeld, planetarios, etc.
Las salas de Ciencias Naturales exponen (casi siempre material del siglo XIX ) las colecciones paleontológicas y los semilleros; las colecciones de vertebrados, y moluscos, material de arqueología científica, microscopios, teodolitos, brújulas, la colección de maquetas del Dr. Auzoux, así como las cajas didácticas del Dr. Kagerah.
